1．“数理方程”课程体系改革的研究
教学改革的实施使很多大学进行院系调整以及学科、专业的重组，在我校的教学改革中，从2003级本科生起，学生入学后在前两学年中不分专业，于第三学年开始分专业。相应的基础课也有调整。2005年初孙秀泉教授给2003级工程技术学院4班和5班的学生开设了“复变函数与数理方程”课程，至2007年9月，更名为“工程数学（2）（复变＋数理方程）”，给电子科学与技术学院电子和光信两个专业的学生开设，由孙秀泉、张登国和曹建章老师任课；2008年9月，课程更名为“数理方程与特殊函数”，将复变函数部分分离出去，加入了特殊函数部分，使课程内容联系更紧密，也符合国内大多数高校同类课程的结构，由顾樵教授和孙秀泉教授担任主讲老师。课题组注重本课程与先修课和后继课程的紧密联系。针对后续专业课程的设置、教学内容、学时配备及内容更新的变化，不断调整本课程的课程内容和讲课重点。
2、 编写出版《数学物理方法》教材
在2008年9月，课程更名为“数理方程与特殊函数”后，教材使用由东南大学数学系王元明编、高等教育出版于2004年出版的《数学物理方程与特殊函数》（第三版）。顾樵教授承担课程主讲后，在20多年来在德国和中国讲授数学物理方法的基础上，针对国内教材灵活性与实用性欠缺、国外教材系统性与缜密性不足的缺点，编著了《数学物理方法》一书，注重自身理论体系的科学性、严谨性、完整性与实用性，将中国传统教材讲授内容与国外先进教材相结合、教学实践与其他相关课程的需要相结合、抽象的数理概念与直观的物理实例相结合、经典的数理方法与新兴交叉学科的生长点相结合、基础的数理知识与科学前沿中的热点问题相结合，既为教学所用，又适应科研需要，受到了广大学生、读者的好评。
3、多种教学形式的探索与研究
本课程不断开展教学方式方法改革，最大限度激发学生的学习热情。
顾樵教授讲课深入浅出，旁征博引，把基本问题深入剖析，然后举一反三，引导学生积极思考。
孙秀泉教授善于运用比喻、类比等方法，以文说理，联想到从身边的事物为例，进一步拉近学生与数理方程思想的距离。比如在讲解非齐次方程定解问题时，将所求函数设为两个函数的和，分别求解，联想到军事学策略“各个击破，分而食之”的观点；在讲解非齐次边界定解问题时，通过引入辅助函数，使边界条件齐次化，被孙老师比喻为“偷梁换柱”法。这些词汇的运用，给学生留下了深刻的印象。
杜戈果教授在授课中，也能广泛采用各种教学方法，例如，采用表格总结法，把不同边界条件的本征方程X²(x)+lX(x)=0的本征值和本征函数进行对比总结；在讲解非齐次边界定解问题时，对于不含时间的特殊情况，通过引入辅助函数，使边界条件和泛定方程同时齐次化，被杜老师形象称为“一箭双雕”；在诸多介绍公式的地方，引领学生一步步推导，强调清晰的思路、挖掘公式背后的物理意义，等等。这些教学方法的应用，收到了良好的教学效果，学生普遍反映印象深刻，牢固地掌握了知识点。
课程组老师在长期的教学实践中，坚持“课前提问”，即每课利用3～5分钟时间，通过“提出问题——学生回答——老师总结补充”的方式，对前一节课的内容进行重点复习，既增强了课程内容的连续性，又起到了强调重点、增强记忆、化解难点的积极效果；在每次下课前，坚持对本节内容进行小结等，受到了学生的普遍好评。
4、充分利用多媒体教学手段，实现教学资源网络共享
本课程内容理论性强，概念多、抽象、难理解，采取与多媒体相结合的教学手段。利用多媒体手段直观、生动、形象等特点，通过动画、视频等方式，对基础理论、定理、难点等进行深入浅出、图文并茂的分析简介，增强学生的感性认识，深化对抽象理论知识的理解。
课程组已开始建设数理方程课程网站（/shulifc/introduce.asp），将所有讲授内容，包括教案、习题、电子课件等都公布在校园网上，并及时更新。通过网站的这些功能，为学生提供网上学习的条件，同时开辟一条教师与学生交流的新渠道，实现网上辅导答疑，学生积极参与，活跃了师生间的交流，使“数理方程”课程实现更加灵活和开放的教学模式，全面提高了课程的教学和管理水平。课程学习网站的建立，不仅使本校学习相关课程的学生受益，也提供给兄弟院校的师生。