虚拟仿真实验教学中心是集硬件平台、软件平台、虚拟实验教学、仿真实验教学和服务为一体的综合实验教学平台。为了保证中心安全、高效、有序、灵活地运转和教学资源的开放共享与充分使用，并逐步提高虚拟仿真实验的开发水平和相关实验的教学质量，中心初步建立了一套比较行之有效的管理体系。该管理体系由组织保障体系及制度保障与管理规范体系两部分组成。
一、中心的组织保障
为保证虚拟仿真实验教学中心的正常、高效运行与可持续发展，并为中心提供坚实的组织保障，中心成立了由各学科负责人组成的教学管理与研发领导小组，设组长1人（由中心主任担任），实现人、财、物的统一与集中管理与教学资源的开放共享。在教学管理与研发领导小组下，设置了硬件保障小组、软件维护小组和教学组织小组，各小组设组长1人，在中心教学管理与研发领导小组领导下开展工作。
硬件保障小组的主要职责：规划、统筹和协调安排中心硬件的发展和使用，和学校相关部门接洽与对接；审核软件开发小组和教学组织小组的采购计划，组织制定并安排实施中心的各项硬件采购计划；组织中心硬件平台、仪器设备的验收、安装、调试和人员培训；负责中心硬件平台的维护和保养，负责审核硬件设备的报修和报废计划；制定中心硬件设施的维护、使用、报废等规章制度。
软件维护小组的主要职责：负责中心现有虚拟、仿真教学软件的正常使用和维护；负责中心软件资源使用的培训工作；制订中心软件资源的安全使用规则，并检查落实情况；根据教学的要求，积极引进并开发相关的软件平台，包括与软件研发涉及的相关企业进行沟通、联络和协商等工作；根据中心发展规划，提出软件人才的培养和引进计划。
教学组织小组的主要职责为：负责制定中心的虚拟仿真实验教学计划，并按照计划安排好相关课程的虚拟仿真实验教学工作；负责监督、检查与评价各课程的教学过程与质量；负责中心虚拟仿真实验教学课程教师的遴选和管理工作；制订中心虚拟仿真实验教学指导教师岗位职责；制订中心虚拟仿真实验教学实验室的管理制度；根据教学的要求与学科的发展需要，积极向软件开发小组和硬件保障小组提出软件资源的开发、引进和硬件平台的更新等建议。
二、中心的制度保障与管理规范体系
为保证虚拟仿真实验教学中心的持续、稳定、有效运行与发展，中心参照深圳大学各院的实验室管理相关制度，制定了虚拟仿真实验教学中心的制度保障与管理规范体系。该体系由以下制度或办法组成：
（1）虚拟仿真实验教学中心运行管理制度；
（2）虚拟仿真实验室含开放实验室管理办法；
（3）虚拟仿真实验硬件平台运行与管理制度；
（4）虚拟仿真实验软件平台运行与管理制度；
（5）虚拟仿真实验教学中心实验教学管理办法；
（6）虚拟仿真实验教学中心采购与教学资源开发管理办法；
（7）虚拟仿真实验教学中心资金使用与管理办法；
（8）虚拟仿真实验教学中心档案管理办法；
（9）虚拟仿真实验教学中心实验室安全与卫生管理办法；
（10）虚拟仿真实验教学中心学生实验守则；
（11）虚拟仿真实验教学中心教学质量监控体系；
（12）虚拟仿真实验教学中心各类人员岗位职责；
（13）虚拟仿真实验教学中心青年教师培训和进修管理办法；
（14）虚拟仿真实验教学中心人员考勤和奖励办法。
以上制度与办法有效地保证了中心的正常运行与发展，实现了中心日常管理的规范化、程序化和制度化。