深圳大学教育系创设于1995年，1999年开始招收教育学专业的本科生，2003年因全国师范教育体制改革而停招。2003年，经广东省学位委员会授权审核、国务院学位办批准，师范学院教育系获得课程与教学论硕士学位授权，并于2004年开始招收课程与教学论硕士研究生。2010年，教育系与高等教育学科、教育技术学科联合申报教育学一级硕士学位授权点获得成功，并增设教育学原理、课程与教学论、成人教育学三个二级学科点。

2015年6月4日，师范学院决定深圳大学高教研究所挂靠师范学院教育系。深圳大学高教研究所成立于1986年，是经广东省高教厅批准设立的、广东省首批高教研究机构、深圳大学较早的专门研究机构之一。2006年取得高等教育学硕士点。2015年5月获评全国优秀高等教育研究机构。

目前，教育系和高教所是深圳大学教育学发展的主阵地，是推动教育学一级硕士学位授权点进一步发展的主要力量。教育系和高教所共有专任教师14人，其中教授4人、副教授4人、助理教授2人、讲师4人。具有博士学位的教师11人。

近年来，教育系和高教所主持国家级和省部级课题多项，在CSSCI刊物发表论文数十篇，出版专著十多部。多项成果获奖，如李臣教授的专著《西方课程思潮》获得全国哲学社会科学优秀成果二等奖；肖海涛教授的专著《大学的理念》获得教育部全国第三届教育科学研究优秀成果二等奖；李均教授的专著《中国高等教育研究史》、《中国高等教育政策史》先后获得教育部全国第四届、第五届教育科学研究优秀成果专著三等奖。