深圳大学高等教育研究所成立于 1986 年，是深圳大学较早设置的专门研究机构之一，也是广东省较早设置的高教研究机构之一。历任所长有廖元耿、李业盛、杨移贻、张祥云，现任学科带头人张祥云教授，所长李均教授，党支部书记肖海涛教授。

       2006 年，取得高等教育学硕士学位授予权。2007 年开始招收高等教育学硕士研究生。2010年，成立所学术委员会，我国著名教育家、中国高等教育学科创始人潘懋元教授任主任。教育部高教评估中心主任吴岩教授、全国高等教育学专业委员会理事长张应强教授、广东省高等教育学研究会理事长卢晓中等国内知名学者任委员。

       2015年5月高教所获得中国高等教育学会授予的”全国优秀高等教育研究机构“称号。 目前本所有专职教学科研人员8名（均有博士学位），兼职教学科研人员 15 名。主要师资队伍中，有教授（研究员）6 名，副教授（副研究员） 7 名。